1946年に東宝交響楽団の名で創立。1951年東京交響楽団と改称して今日に至る。
1988年（株）すかいらーくからの支援が約束され、以後それを基盤として大作に取り組んでいる。（株）すかいらーくは当楽団への援助が評価され、1992年メセナ大賞を受賞した。
歴代の指揮者には、近衛秀麿、上田仁などがおり、1964年以来、秋山和慶が長きにわたり音楽監督・常任指揮者を務めた。現在は音楽監督にユベール・スダーン、桂冠指揮者に秋山和慶、常任指揮者に大友直人、正指揮者に飯森範親を擁する。
活動の特色の一つに邦人作品を含む現代音楽の初演があり、その功績により1949年第１回毎日音楽賞、1953年文部大臣賞、1990年音楽之友社賞、1993年京都音楽賞大賞を受賞
1994年秋山和慶の音楽監督就任30周年と第400回定期演奏会を記念して、シェーンベルク歌劇「モーゼとアロン」(邦人による日本初演、演奏会形式)を上演して絶賛を博し、その成果に対し1994年度毎日芸術賞、文化庁芸術作品賞が授与された。1996年モービル音楽賞、1998年サントリー音楽賞、2001年中島健蔵音楽賞特別賞を受賞。
文化庁からは1996年より、日本の音楽界を牽引していると認めた団体に支援することを目的として設定した「アーツプラン21」に選ばれ、現在は文化庁芸術創造活動重点支援事業に指定されている。新国立劇場では1997年のオープニング公演オペラ「TAKERU・建」をはじめ、オペラ・バレエ公演を担当。
2000年には現代音楽界で最も注目されている作曲家ヘルムート・ラッヘンマンの問題作、歌劇「マッチ売りの少女」を日本初演（演奏会形式）し、大いに注目を集めた。
2001年には黛敏郎作曲歌劇「古事記」日本初演（演奏会形式）、マーラーの交響曲第8番などの創立55周年記念事業を行った。2003年、第501回定期演奏会でのジョン・アダムズ「エル・ニーニョ」（日本初演）は"新たな一歩をしるす意義深い公演"と評価された。その他、ヤナーチェクオペラシリーズや2004年ヘンツェの楽劇「裏切られた海」（演奏会形式）、2005年プッチーニの歌劇「トゥーランドット」（ベリオ補作版・日本初演）など毎年話題作を上演している。
2006年には創立60周年を迎え、中国・北京での芸術祭参加など数々の記念事業を行った。
海外公演も1976年北米ツアーをはじめ19ケ国69公演を数え、世界各地で高い評価を得ている。
新潟市とは準フランチャイズ契約を結び、1999年4月より、新潟定期演奏会や特別演奏会を開催している。また、2002年川崎市とフランチャイズ契約を結び、2004年7月に開館したミューザ川崎シンフォニーホールを拠点に定期演奏会をはじめとする数々の公演を行い、活動の場を拡げている。
教育面でも、多くの子ども達がクラシック音楽に親しんでもらいたいという願いを込め、2001年より、日本初の「こども定期演奏会」をスタートしており、その企画と演奏は各方面から注目されている。
ＣＤはTOKYO SYMPHONYレーベルで、ベートーヴェン「第九」、ブルックナー「交響曲第8番」、モーツァルト「交響曲第29番、39番他」（全てスダーン指揮）の3枚を発売している。
